หลังจากเหตุการณ์ในซีซั่น 2 ที่หมายเลข 5 พาทุกคนกลับมายัง ดิ อัมเบรลลา อคาเดมี่ หลังจากการต่อสู้กับกลุ่ม เดอะ คอมมิชชัน เมื่อกลับมาที่บ้านที่เคยเป็นของพวกเขา กลับพบว่าที่นี่ไม่ได้เป็นของ ดิ อัมเบรลลา อคาเดมี่ อีกต่อไป แต่กลายเป็นที่ตั้งของกลุ่มคนที่มีพลังพิเศษซึ่งเรียกตัวเองว่า ดิ สแปร์โรว์ อคาเดมี่ ทำให้ทั้งสองกลุ่มต้องเผชิญหน้ากันในสงครามใหม่ แต่การกลับมาของพวกเขาครั้งนี้ยังนำพาพลังที่สามารถทำลายโลกมาอีกครั้ง พวกเขาจะสามารถหยุดวันสิ้นโลกได้หรือไม่ และอนาคตของพวกเขาจะเป็นอย่างไรต่อไป